# ========= [INFO] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# InputBAM: 9-N3-12cycles-IDT.AT25.merged.withUMI.group.identity.bam
# seq_deb : GTCAGTG
# seq_fin : CGTGG
# MS_seq : AT
# excl : C,G
# nom  : AT25
# typeF: IDT
# log file: 9-N3-12cycles-IDT.AT25.merged.withUMI.group.identity.AT25.seq.log
# =============================
#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: GTCA.TGAT.+ATATAT.+AT.GTGG|GTCA.TGAT.+ATATAT.+ATC.TGG|GTCA.TGAT.+ATATAT.+ATCG.GG|GTCA.TGAT.+ATATAT.+ATCGT.G|GTCA.TGAT.+ATATAT.+ATCGTG.|GTCAG.GAT.+ATATAT.+AT.GTGG|GTCAG.GAT.+ATATAT.+ATC.TGG|GTCAG.GAT.+ATATAT.+ATCG.GG|GTCAG.GAT.+ATATAT.+ATCGT.G|GTCAG.GAT.+ATATAT.+ATCGTG.|GTCAGT.AT.+ATATAT.+AT.GTGG|GTCAGT.AT.+ATATAT.+ATC.TGG|GTCAGT.AT.+ATATAT.+ATCG.GG|GTCAGT.AT.+ATATAT.+ATCGT.G|GTCAGT.AT.+ATATAT.+ATCGTG.
# condiSet1: s/\t.*GTCA.TGAT/\tAT/;s/\t.*GTCAG.GAT/\tAT/;s/\t.*GTCAGT.AT/\tAT/
# condiSet2: s/AT.GTGG.*$/AT/;s/ATC.TGG.*$/AT/;s/ATCG.GG.*$/AT/;s/ATCGT.G.*$/AT/;s/ATCGTG..*$/AT/
#--------------------------------------
